رهبر معظم انقلاب طی پیامی درگذشت استاد فرزانه و عالم ربانی مرحوم آیه الله واعظ زاده خراسانی را تسلیت گفتند. متن پیام ایشان به شرح زیر می باشد:
بسم الله الرحمن الرحیم
خبر درگذشت عالم فرزانه مرحوم آیِة الله
آقای حاج شیخ محمد واعظ زاده‌ی خراسانی رحمة الله علیه را با تأسف و تأثر
دریافت کردم. این روحانی بزرگوار و پرکار و روشن‌بین از جمله‌ی مردان با
همّت و جامعی بود که علوم اسلامی همچون فقه و حدیث و رجال و تراجم را از
برترین استاد این فنون یعنی مرحوم آیة الله العظمی بروجردی اعلی الله مقامه
فراگرفته و خود در عمر پربرکت خویش به تحقیقات بدیع در آن و نیز علوم
قرآنی و تاریخ و کلام پرداخته بود. آثار قلمی و تحقیقی ایشان در برخی از
این رشته‌ها در شمار افتخارات علمی حوزه‌های علمی شیعه است و مورد
استفاده‌ی ماندگار دنیای اسلام خواهد بود انشاءالله. ضایعه‌ی رحلت این عالم
جلیل را که در کهنسالی نیز از کار و تلاش علمی باز نماند به فرزندان گرامی
و همه‌ی بازماندگان و مستفیدان از دانش و تجربه‌ی ایشان تسلیت عرض میکنم و
رحمت و مغفرت الهی را برای ایشان مسألت مینمایم.
سیّد علی خامنه‌ای
۲۸ آذر ماه ۱۳۹۵