حضور زایران در پیرامون مزارات که به دلیل احترام مبتنى بر اعتقاد به زیارت مشاهد مشرفه مىباشد، در حقیقت فلسفه ایجاد تشکیلات در اماکن مقدسه شده است. شواهد تاریخى حکایت از آن دارد که ضرورت حفظ و نگهدارى اماکن زیارتى و تأمین نیازمندیهاى زایران باعث پیدایى تشکیلات خودجوش و غیر رسمى گردیده که به مرور به سازمان ادارى خاص هر مکان مقدس مبدل شده است. در مشهد الرضا نیز پس از قرن چهارم هجرى به واسطه توجه و حضور در حال افزایش زایران و در نتیجه ضرورت وجود سازمان خاص زیارتى، تشکیلاتى به وجود آمده است که پس از گذشت چندین قرن امروزه به نام 'آستان قدس رضوى' وارث این سازمان قدیمى است که اگر چه اسناد تاریخى قدمت آن را به قرن هشتم مىرساند، اما به طور قطع آستان قدس با نام دیگر در قبل از این دوران نیز وجود داشته است. آستان قدس به نقل تاریخ از نظر مدیریت و اداره تشکیلات در طول تاریخ به طور مستقل و تحت نظر مقام تولیت یا نایب التولیه و به وسیله کارگزاران و خدمه اداره مىشده و دولتهاى وقت حق مداخله در امور آستان قدس را نداشتهاند و تنها متولیان در برابر حکومت مسؤول بودهاند. سازمان ادارى و تشکیلات آستان قدس در طول تاریخ بنا به شرایط تاریخى و مطابق با سنتها و آداب و رسوم و سلیقه متولیان چندین بار دچار تحول و دگرگونى شده است.
به نوشته احتشام کاویانى از زمان سلاطین دیالمه، تصدى امور آستان قدس با سادات رضوى بوده است که نقبا نامیده مىشدند و از میرزا بدرالدّین نقیب که معاصر سلطان محمد خدابنده (اولجایتو) تصدى امور آستانه را داشته، در متون تاریخى نام برده شده و از زمان صفویه که شاه طهماسب موقوفاتى را ایجاد کرد مقام تولیت به عنوان یک منصب رسمى از اختصاصات سلطنتى شد و در عهد صفویه و افشاریه و قاجار، مقام تولیت عظمى با شاهان بود و از افتخارات شمرده مىشد. در عهد قاجاریه و به دلیل دخالت نایب التولیهها در امور آستان قدس و تجاوز به اموال و داراییهاى آستانه سازمان ادارى دچار آشفتگى گردید و اگر چه با پیدایى طومار علیشاه در فاصله سالهاى 1126 تا 1160 ه . ق تا حدى دگرگونىها سامان یافت، اما دوباره دچار بىنظمى گردید. در این دوران فرامین صادره از آستان قدس با تشریفات ویژه مکتوب مىشد و توسط مقام عالیه نایب التولیه مهر زده مىشد و امور آستانه به وسیله مستوفیان و اولیاى دفتر اداره مىگردید و کارگزاران آستان قدس عبارت بودند از یک عده خادم و فراش که زیر نظر خادمباشى یا سر کشیک به طور متناوب در بیوتات و مکانهاى مختلف به ارائه خدمت مىپرداختند و گروهى هم در دفتر روضه مبارکه زیر نظر قائم مقام و یک نفر نایب التولیه و عدهاى دیگر تحت عناوین نایب الزیارة، مدرس و مباشر املاک به امور رسیدگى مىنمودند و خدمه و کارکنان حقوق بگیر سالیانه مبالغى نقد و مقدارى هم غله دریافت مىکردند و عدهاى نیز به صورت رایگان و افتخارى خدمت مىکردند. در سال 1305 و در دوران نیابت تولیت محمد ولى خان اسدى تحولاتى در تشکیلات آستان قدس به وجود آمد که تا سال 1328 ه . ش نافذ بود و در این سال آیین نامه جدیدى در 9 فصل و 76 ماده تدوین شد و در سال 1340 ه . ش یک ماده جدید به آن اضافه شد و در سالهاى بعد نیز سازمان ادارى توسعه یافت، به گونهاى که به نوشته مؤلف کتاب ارمغان طوس در سال 1350 ه . ش در تشکیلات آستانه 35 اداره مختلف و 2500 کارمند وجود داشته است. مرکز ادارى آستان قدس در زمانهاى گذشته نزدیک حرم مطهر و در یکى از بناهاى همجوار بوده است و در اوایل قرن گذشته ساختمان دارالتولیه به محل کنونى انتقال یافته است.
پس از پیروزى انقلاب اسلامى دگرگونى بنیادى در تشکیلات آستان قدس ایجاد گردید. تعداد 37 اداره تابعه در تشکیلات جدید ادغام و بعضى از پستهاى زائد حذف گردید و آییننامه استخدامى جدید تدوین و طرح طبقهبندى مشاغل به اجرا در آمد و چارت جدید تشکیلاتى ترسیم گردید که در سال 1378 تغییراتى در آن ایجاد شد. در حال حاضر و در پى آخرین تغییرات در چارت تشکیلاتى، سازمان مرکزى آستان قدس رضوى به عنوان مهمترین بخش از تشکیلات مدیریتى طبق تصویر پیوست شامل چهار معاونت و 9 مدیریت کل با ادارات تابعه است که مستقیماً تحت نظر قائم مقام و به نیابت از تولیت آستان قدس رضوى اداره مىشود و بالاترین مرجع در این تشکیلات، مقام منیع تولیت عظمى است. سازمان بندى جدید کلیه سازمانها، ادارات و شرکتهاى وابسته به آستان قدس رضوى هماکنون طبق تصویر نمودار پیوست در دو مجموعه بزرگ تحت عناوین سازمان اقتصادى و سازمان فرهنگى لحاظ شدهاند.
سازمان فرهنگى با سه معاونت و 14 مؤسسه و مراکز زیر مجموعهاى تحت نظر شوراى عالى فرهنگى مدیریت مىشوند و در سازمان بزرگ اقتصادى در چهار گروه جمعاً 48 شرکت و موسسه و سازمان وابسته مستقیماً زیر نظر هیأت عامل و مجمع عمومى اداره مىشوند. طبق نمودار تشکیلات در سازمان فرهنگى بجز دبیرخانه شورا، کلیه فعالیتهاى ستادى شامل تنظیم بودجه کل، اطلاع رسانى و سایر خدمات پشتیبانى توسط ادارات مرکزى آستان قدس رضوى و مدیریت برنامه و بودجه و مدیریت MIS انجام مىشود.