با توجه به نقش محوری دانشگاه فردوسی مشهد در تصمیم سازی، سیاست‌گذاری و برنامه‌ریزی در حوزه آموزش عالی و اهمیت ایجاد انسجام در امر برنامه‌ریزی و قانون‌گذاری در منطقه، با تصویب مراجع قانونی، دبیرخانه هیئت‌امنا به‌عنوان یک واحد زیر نظر معاونت برنامه‌ریزی و توسعه منابع دانشگاه فردوسی مشهد تشکیل گردید.
بر اساس مصوبه هیئت‌امنای دانشگاه‌ها و مؤسسات آموزش عالی استان خراسان رضوی ، معاون برنامه‌ریزی و توسعه منابع دانشگاه و رئیس این دبیرخانه به‌عنوان اشخاص حقوقی کمیسیون دائمی هیئت‌امنا به ترکیب اعضای حقوقی این کمیسیون افزوده شدند.